Í ljósi nýjustu tíðinda af flóði úr Gígjökli hefur vinna við Landeyjahöfn verið stöðvuð tímabundið og menn verið fluttir af svæðinu í öryggisskyni.
Hjá Siglingastofnun segja menn að ekki sé gert ráð fyrir teljandi skemmdum á mannvirkjum í og við höfnina. Hinsvegar er ljóst að lagerinn í Markarfljóti, um 50 þúsund rúmmetrar af efni, muni rýrna. Einnig má búast við að flóðvarnargarðarnir ofarlega í fljótinu geti skemmst.
Þar sem vinna liggur nú niðri við framkvæmdir í Landeyjahöfn má búast við að lok þeirra tefjist sem því nemur.
Við þetta má bæta að í tengslum við hafnargerðina hefur Landgræðslan haft það verkefni að rækta upp gróðurlaus svæði og má ætla að það starf geti skaðast. Einnig hefur á vegum Siglingastofnunar, í samstarfi við bændur, farið fram á þessu svæði tilraunaræktun á repju til dísilolíuframleiðslu og hefur árangurinn lofað góðu. Sú ræktun er einnig mjög í hættu af völdum flóðsins.