Aukin rafleiðni hefur mælst í Markarfljóti samhliða hækkandi vatnshæð. Í tilkynningu frá Veðurstofunni segir að líklegasta skýringin sé talin vera lítilsháttar leki jarðhitavatns í ána.
Fólk getur orðið vart við brennisteinslykt í nálægð við ána og við jökulsporð Entujökuls, austan við Emstrur.